Պոլիպեպտիդ պեպտիդային շղթայի նախագծման սխեմա և լուծում

I. Ամփոփում
Պեպտիդները հատուկ մակրոմոլեկուլներ են, որոնց հաջորդականությունը անսովոր է իրենց քիմիական և ֆիզիկական հատկանիշներով:Որոշ պեպտիդներ դժվար է սինթեզվում, մինչդեռ մյուսները համեմատաբար հեշտ են սինթեզվում, բայց դժվար է մաքրվում։Գործնական խնդիրն այն է, որ պեպտիդների մեծ մասը փոքր-ինչ լուծելի է ջրային լուծույթներում, ուստի մեր մաքրման ժամանակ հիդրոֆոբ պեպտիդի համապատասխան մասը պետք է լուծվի ոչ ջրային լուծիչների մեջ, հետևաբար, այդ լուծիչները կամ բուֆերները, հավանաբար, խիստ անհամապատասխան են օգտագործմանը: կենսաբանական փորձարարական պրոցեդուրաների, այնպես որ տեխնիկներին խստիվ արգելվում է օգտագործել պեպտիդը իրենց նպատակների համար, այնպես որ ստորև ներկայացված են հետազոտողների համար պեպտիդների նախագծման մի քանի ասպեկտներ:

Պոլիպեպտիդ պեպտիդային շղթայի նախագծման սխեմա և լուծում
Երկրորդ, սինթետիկ դժվար պեպտիդների ճիշտ ընտրությունը
1. Ներքև կարգավորվող հաջորդականությունների ընդհանուր երկարությունը
15 մնացորդից պակաս պեպտիդներ ավելի հեշտ է ձեռք բերել, քանի որ պեպտիդի չափը մեծանում է, իսկ հում արտադրանքի մաքրությունը նվազում է:Քանի որ պեպտիդային շղթայի ընդհանուր երկարությունը ավելանում է 20 մնացորդից ավելի, արտադրանքի ճշգրիտ քանակը հիմնական մտահոգությունն է:Շատ փորձերի ժամանակ հեշտ է անսպասելի էֆեկտներ ստանալ՝ մնացորդների թիվը 20-ից ցածր իջեցնելով:
2. Նվազեցնել հիդրոֆոբ մնացորդների քանակը
Հիդրոֆոբ մնացորդների մեծ գերակշռություն ունեցող պեպտիդները, հատկապես C-տերմինալից 7-12 մնացորդների շրջանում, սովորաբար առաջացնում են սինթետիկ դժվարություններ:Սա դիտվում է որպես անբավարար համակցություն հենց այն պատճառով, որ սինթեզում ստացվում է B-ծալովի թերթիկ:«Նման դեպքերում կարող է օգտակար լինել փոխակերպել ավելի քան երկու դրական և բացասական մնացորդներ, կամ դնել Gly-ն կամ Pro-ն պեպտիդում՝ պեպտիդային բաղադրությունը բացելու համար»:
3. «Դժվար» մնացորդների նվազեցում
«Կան մի շարք Cys, Met, Arg և Try մնացորդներ, որոնք սովորաբար հեշտությամբ չեն սինթեզվում»:Ser-ը սովորաբար կօգտագործվի որպես Cys-ի ոչ օքսիդատիվ այլընտրանք:
Պոլիպեպտիդ պեպտիդային շղթայի նախագծման սխեմա և լուծում

Երրորդ, բարելավել ջրի մեջ լուծվող նյութի ճիշտ ընտրությունը
1. Կարգավորեք N կամ C վերջնակետը
Թթվային պեպտիդների համեմատ (այսինքն՝ բացասաբար լիցքավորված pH 7-ով), ացետիլացումը (N-տերմինալ ացետիլացում, C վերջնամասը միշտ ազատ կարբոքսիլ խումբ է պահպանում) հատկապես խորհուրդ է տրվում բացասական լիցքը մեծացնելու համար:Այնուամենայնիվ, հիմնական պեպտիդների համար (այսինքն՝ դրական լիցքավորված pH 7-ում), ամինացումը (ազատ ամինային խումբ N-տերմինալում և ամինացում C-վերնամասում) հատկապես խորհուրդ է տրվում դրական լիցքը բարձրացնելու համար:

2. Մեծապես կրճատել կամ երկարացնել հաջորդականությունը

Որոշ հաջորդականություններ պարունակում են մեծ քանակությամբ հիդրոֆոբ ամինաթթուներ, ինչպիսիք են Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr և Ala և այլն: Երբ այդ հիդրոֆոբ մնացորդները գերազանցում են 50%-ը, դրանք սովորաբար հեշտ չէ լուծել:Կարող է օգտակար լինել երկարացնել հաջորդականությունը՝ պեպտիդի դրական և բացասական բևեռներն ավելի մեծացնելու համար:Երկրորդ տարբերակը պեպտիդային շղթայի չափը նվազեցնելն է՝ դրական և բացասական բևեռները մեծացնելու համար՝ նվազեցնելով հիդրոֆոբ մնացորդները:Որքան ուժեղ են պեպտիդային շղթայի դրական և բացասական կողմերը, այնքան ավելի հավանական է, որ այն արձագանքի ջրի հետ:
3. Դրեք ջրում լուծվող մնացորդի մեջ
Որոշ պեպտիդային շղթաների համար որոշ դրական և բացասական ամինաթթուների համադրությունը կարող է բարելավել ջրի լուծելիությունը:Մեր ընկերությունը խորհուրդ է տալիս թթվային պեպտիդների N-տերմինալը կամ C-վերջը զուգակցել Glu-Glu-ի հետ:Տրվել է հիմնական պեպտիդի N կամ C վերջնակետը, այնուհետև՝ Lys-Lys:Եթե ​​լիցքավորված խումբը հնարավոր չէ տեղադրել, Ser-Gly-Ser-ը կարող է տեղադրվել նաև N կամ C վերջնամասում:Այնուամենայնիվ, այս մոտեցումը չի գործում, երբ պեպտիդային շղթայի կողմերը չեն կարող փոխվել: